健美班女教练阿芝和隔壁的私人侦探阿佐是一对欢喜冤家，两人一见面便口角不断，笑话连连。某天，四个劫匪抢劫了富商曹先生的名贵钻石，逃亡途中阴差阳错将钻石掉到了阿芝那里。一无所知的阿芝随后遭到劫匪们的追杀，最终被绑架而去。渐渐喜欢上阿芝的阿佐眼看心上之人身陷虎口，懊恼不已。幸亏其助手IQ博士送给阿芝的防狼器中藏有跟踪器，二人一路追踪到劫匪的藏匿窝点。却不知，阿芝几经周折已脱身而出。但穷凶极恶的劫匪怎肯罢休，誓要得到钻石为止，而他们的背后似乎又有个黑手暗中操控……

升入私立咲钟湖学园高中的阿佐谷未乃爱，只是个动画的入门菜鸟，但她却被同年级的上井草有栖强行邀请成立了动画研究部。通过与同年级的高圆寺美子以及喜爱动画的前辈们相遇，未乃爱逐渐沉浸在动画的世界中。动研部员一边要面对学生会固执的废部劝告，一边对于渐渐逼近的世界灭亡一无所知，成天在活动室、在秋叶原、在圣地、在温泉，聊着动画的事情。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯