五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的

尤金是一位经验非常丰富的外科医生，然而工作之余，他亦是一位深受药瘾所苦的瘾君子。一次手术中，尤金因为磕了药而产生了幻觉，导致手术失败，造成了一个无辜的女孩的死亡。深深的自责纠缠着尤金，让他开始自暴自弃。一天，尤金像往常一样来到酒吧买醉，意外地目睹了一场枪击事件，一个男人胸部中弹性命危在旦夕，尤金秉着医生的职业本能对男人进行了抢救，最终成功地保住了他的性命，这一切都被一个名为雷蒙的男人看在眼底。雷蒙找到了尤金，希望雇佣他替自己干活，而尤金所要做的，就是替那些无法去医院看病的不法之徒医治。

一块记载着外星生命轨迹的流星坠落到亚利桑那州的荒漠中后开始了进化。没几周，这些外星生命的形态就从单细胞的有机体进化到类鸟和类灵长的生物。外星生命的进化如此飞速，将会使得他们很快支配整个世界，并且导致人类的灭亡！