经历了许多风波的香菇镇，终于迎来了一段安宁祥和的时光。纳诺、淇淇、维加三人驾着崭新的飞船，准备离开香菇镇，去探索浩瀚未知的宇宙。在宇宙中漫无目的飞行的飞船，在纳诺、淇淇、维加的商讨下，决定飞去工具星系，寻找淇淇的爸爸妈妈。但在这之前，他们遇上了黑洞。黑洞挡住了纳诺一行的飞行，声称要将他们吞掉，像吞掉胡萝卜岛那样。纳诺一行勇敢前行，与黑洞斗智斗勇，终于摆脱了黑洞的阻挠。纳诺、淇淇、维加经历了许多困难，终于找到了淇淇爸爸，并来到了秘密基地。在这里，淇淇也见到了自己的妈妈。大家齐心协力，终于将钢铁巨钉打败了，钢

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夜枭子和云蝠军团被风耀风影发现，此时风耀风影已经十分愤怒，于是两人异能量聚变为超兽神二合体，与云蝠军团对决，结果风耀风影兄妹联手重创了云蝠军团，云蝠军团经此一役损兵折将元气大伤。在这个时候冥王刚把玄易子和狮王战舰群从元空间带回冥界，并吩咐夜凌云先处置私自出战的夜枭子，再集合剩余的云蝠军团，大战一触爆发，在大战中火麟飞、天羽、龙戬、泰雷、苗条俊、夜凌云六个人被卷入时空隧道，回到了十万年前的圣战前夕，越是接近事物的起源，事物越是变得扑朔迷离。当超兽战士们亲身经历了十万年前的那场圣战，他们的信念开始崩溃。首先火